Persistir con EJB3

Hola. Necesito ayuda.
Actualmente estoy desarrollando una aplicacion en Struts 1.3, EJB3 y Websphere. La persistencia mediante toplink y me encuentro en la necesidad de:
Persistir un Objeto con manejo de transaccion. Lo he implementado , guardando parcialmente el contenido del objeto , solo que tengo un timeout por el contenedor, ya que la informacion es abundante y accedemos en multiples veces a la BD. Actualmente la transacion tarda 6 minutos. Algo fuera de lo razonable.

Como alternativa de implementacion , tratamos de cargar de una sola vez el Objeto por persistir y hacer un merge unico. Solo que encontramos excepciones. El motivo es que el entity manager, esta intentando guardar los elementos hijos (Objetos anidados), antes que los elementos padre (Objetos anidados), contenidos en nuestro objeto.

Preguntas:
1.- ¿Hay una manera de indicarle al entity manager el orden en que deba hacer el merge? Entenderiamos que el entity manger tiene todas las relaciones , de manera de persistir completamente el objeto.

2.- ¿Hay otra tecnica para persistir objetos con multiples relaciones de una sola vez , optimizando el tiempo de persistencia?

Saludos. Gracias por las aportaciones.
Jesus Enrique Aldana Sanchez.